استان سیستان و بلوچستان از دو ناحیه «سیستان» و «بلوچستان» تشکیل شده که از نظر طبیعی با یکدیگر متفاوت هستند:
دشت سیستان یکی از دشت های داخلی فلات ایران است که به طور متوسط ۴۷۵ تا ۵۰۰ متر از سطح دریا ارتفاع دارد و از آبرفت های دلتای قدیمی و فعلی رودخانه هیرمند و سیلاب های اطراف آن   پوشیده شده است. این سرزمین در جلگه ای پست و هموار در منتهی الیه مرز شرقی ایران قرار دارد. این دشت از بقایای دریاهای دوران سوم زمین شناسی است و بر اثر حرکات کوه زایی به صورت چاله درآمده است. از مهم ترین کوه های این منطقه می توان به «پلنگ کوه» مشرف به دشت سیستان، «کوه خواجه» در حاشیه دریاچه هامون و غرب زابل اشاره کرد.
و اما ناحیه بلوچستان قسمت جنوبی استان را شامل می شود و منطقه وسیع کوهستانی است که با توجه به مجاورت با دریای عمان و وزش بادهای موسمی دارای آب و هوای متفاوتی است. بارش کم نزولات جوی و عدم وجود منابع برفی کوهستانی باعث شده بیشتر رودخانه های این منطقه فصلی و موقتی باشد و در بخش وسیعی از استان، منابع محدود آب های زیر زمینی تنها امکانات تامین آب محسوب می شود.